第4回研究会開催告知

本年は生理学研究所にて、SSSEM−生理研研究会 合同ワークショップとして11月18日-19日に開催します
参加申し込みはこちら、こちらからご登録下さい
参加申し込み

今回、SSSEMでは、生理学研究所、村田和義先生のコーディネートで、

プラクティカルワークショップ ”セグメンテーションガチンコ勝負”
と題しIMOD、TrakEM2、Amira、Coloristのデモンストレーション及び実習を行います。
昨年福岡で行ったセグメンテーションワークショップ(第2回研究会)のリベンジマッチともいえるかもしれません。昨年の反省を生かし、さらにグレードアップしています。皆様の研究に役立つ情報が盛り込まれると思います。

また、生理研研究会では、
電子顕微鏡ビッグデータが拓くバイオメディカルサイエンス
   〜電子顕微鏡による生物構造情報の抽出〜
として、最新の研究成果の話を伺える予定です。
また、今回はSSSEM研究会としては初めての一般ポスター演題を募集します。
皆様の最新の研究成果をお持ちよりいただき、ゆっくり議論できたらと思っております。

○
クリックで大きな画像


以下概要です。(太田)
SSSEM研究部会&生理研研究会 合同ワークショップ
「電子顕微鏡ビッグデータが拓くバイオメディカルサイエンス」
〜電子顕微鏡による生物構造情報の抽出〜

開催期日:11月18日(水)午後 ー 19日(木)午前
開催場所:岡崎コンファレンスセンター
参加費無料(交流会費別)
提案代表者:大野伸彦(山梨大)/所内対応者:村田和義(生理研)
後援:日本顕微鏡学会関西支部

※研究会HPより事前参加登録受付中
www.nips.ac.jp/struct/emworkshop2015.html

プログラム:
18日午後 	
12:00-	受付開始
13:00-	開始 あいさつ
	プラクティカルワークショップ 
	”セグメンテーションガチンコ勝負”
	● IMOD、TrakEM2、Amira、Coloristによるセグメンテーションの実習
	(自習参加には事前登録が必要です(定員50名)。見学のみも可。)
    	  講師 	唐原一郎(富山大学理学部)
    	    	大野伸彦(山梨大学医学部)
    	    	石村貴暢((株)マックスネット)
    	    	葦原雅道(日本エフイー・アイ(株))
 	    	古河弘光((株)システムインフロンティア)
17:15-	ポスターセッション
19:00-	交流会
  	
19日午前 	
9:00-	レクチャーワークショップ
  	SBF-SEMを用いたミトコンドリアと小胞体の形態学的解析
	  	長島 駿(東京薬科大学生命科学部)
	SEM連続断面観察法を活用した糸球体足細胞の構造解析
	  	市村 浩一郎(順天堂大学医学部)
	インフルエンザウイルスのゲノムパッケージング機構
	  	野田岳志(京都大学ウイルス研究所)
	Correlative light and electron microscopy
	  	Bruno M. Humbel (University of Lausanne, Switzerland )
	Improvement of contrast in Electron Cryo-Tomography by Volta
	Phase Plate
	  	Radostin Danev(Max Planck institutes, Germany)
	Automated Cryo-tomography and Single Particle Analysis with the
	Volta Phase Plate
	  	福田善之(Max Planck institutes, Germany)
	閉会 あいさつ
 	
19日午後 エクスカーション 施設見学(希望者のみ) Lab tour

お問い合わせ 村田(生理研) kazum@nips.ac.jp

参加申し込みはこちら、こちらからご登録下さい
参加申し込み


第3回研究会開催

おかげさまで定員に達し、本会初の泊まり込みによる研究会を開催、活発な討論をすることができました。ありがとうございました。


場所 山梨県勝沼 「ぶどうの丘」
日時 2015年3月24日~25日

プログラム等はこちらをご覧下さい。

○
クリックで大きな画像

学会シンポジウム開催記録

・ 日本顕微鏡学会「SEM連続断面観察による生物組織三次元再構築法研究部会」第二回研究会 WorkShop

会場 九州大学馬出キャンパス 百年講堂 2階会議室
日時 2014年11月15日 13:00〜 (受付開始12:30)

テーマ:SEM連続断面画像のセグメンテーション
(定員30名 参加費 3,000-)

第二回研究会は日本顕微鏡学会第58回シンポジウムのサテライトワークショップとして開催しました。
■ FIJIをインストールしたPCをご持参いただき、FIJIやAmiraのUSB版をつかってのチュートリアルを行いました。
■ プログラム

1.討論「3Dボリュームデータのセグメンテーションの現状と課題」進行 太田啓介 (久留米大)13:00〜13:00〜
2.HawkCを用いた動的輪郭手法を応用したセグメンテーションと三次元再構成鎌倉快之(大阪工業大学) 13:20〜
 (休憩)
3.SSSEM法の最新情報1 「生物組織三次元イメージングへのもうひとつのソリューション: Teneo VS」葦原雅道(日本FEI) 14:10-14:25
4.SSSEM法の最新情報2   「相関顕微鏡技術によるマルチモーダルイメージングの最前線」
兼崎琢麿 (カールツァイスマイクロスコピー株式会社) 14:25-14:40
 (休憩、チュートリアル準備)
5.セグメンテーションチュートリアル1
「ImageJ/Fijiを用いたチュートリアル:セグメンテーションの基礎原理と実践的方法」 
木森義隆(自然科学研究機構 新分野創成センター イメージングサイエンス研究分野) 70 min 15:00-16:10 
6.セグメンテーションチュートリアル2
「Amiraによる画像処理とセグメンテーション」 実習 上村逸郎(MaxNet) 80 min 16:20-17:40 

19:00〜(交流会:参加費4,000・会場:海の路(福岡市天神)
多分、呼子の烏賊と博多水炊きを30名ほどで楽しみつつご歓談いたしました。

コメント(太田)

福岡ドームには「嵐」が来ていたものの、天候に恵まれました。 飛行機の都合や、新幹線の事故などで、交通に不便な点がありましたが、 おかげをもちまして、第二回研究会無事に終了いたしました。

Segmentationという問題をテーマとしてた今回の研究会 まだまだ課題が多いことも判りました。また、様々なツールが存在することも紹介され、その使い方の入り口も体験いただく事ができたと思います。 演者の皆様には心から御礼申し上げます。

狭い会場でしたので、参加者の皆様にはキュウキュウした状態での 研究会でしたが、非常に熱気にあふれた時間となりました。

運営にはまだまだ問題が残りましたが、まずは皆様に御礼申し上げます。 また、今回定員の問題でご参加いただけなかった方におかれましては 心よりお詫び申し上げます。

○
○


・ 日本顕微鏡学会第58回シンポジウムにて講演

11月17日 日本顕微鏡学会 秋のシンポジウム
セッションIV.「3次元電子顕微鏡法がみせるナノとマクロの架け橋」にて薗村貴弘先生がSSSEMを代表して講演されました。
このセッションは顕微鏡学会の3つの分科会・研究部会(マルチスケールトモグラフィー研究部会・生体構造解析分科会・SSSEM研究部会)の共同立案として企画され、本研究部会も参画いたしました。

○

・ 日本顕微鏡学会 第70回 記念学術講演会(幕張)にてシンポジウムを開催

学会HPLink

会場 幕張メッセ国際会議場 H会場
日時 2014年5月11日(日) 13:00〜 

SB-2「SEM 連続断面観察による生物組織三次元再構築法(太田 啓介(久留米大学)・青山 一弘(日本エフイー・アイ/大阪大学)

演者:
太田啓介(久留米大) 
甲賀大輔(新潟大)
岩崎広英(東京大)
Schalek Richard(Harvard Univ.)
大野伸彦(山梨大) 
宮崎直幸(生理研)
Naomi Kamasawa(Max Planck Florida Institute for Neuroscience)

おかげさまで、150人の会場に立ち見が出る状態で成功裏に終えることができました。ありがとうございました。また、当日会場に入れなかった方、4時間にわたり立ち見をしいられた皆様には、申し訳なく思っております。(太田)
学会HPLink

・ ATUMtome Open House Discussion Group Forum

会場:幕張メッセ 国際会議場 H会場
日時:2014年5月11日(日)17:30~ 世話人:窪田芳之(生理学研究所)

上記シンポジウムの後、 引き続き、H会場にて、Boeckeler社主催による「ATUMtome Open House Discussion Group Forum」が開催されました。

ドリンクと軽食をいただきながら、ATUM国内発お披露目で、実際の利用を想定したグループフォーラムを行いました。

-----------------------------------------------------------------------------
会合の名称:ATUMtome Open House Discussion Group Forum
場所:日本顕微鏡学会第70回学術講演会 H会場 幕張メッセ国際会議場 1階105室
時:平成26年5月1日(日) 午後5時30分〜19時頃
参加費:無料
主催:Boeckeler社(米国)
内容:Boeckeler社によるATUMtomeの紹介
ATUMtomeとは、ハーバード大学のJeff Lichtman教授達によって開発された連続超薄切片自動回収装置装着ウルトラマイクロトームです。前半は、開発者の一人であるRichard Schalek氏からATUMtomeの紹介と使用方法等の説明があります。後半は、Q & A timeを設けて、皆さんの質問にお答えします。
当日は、オードブル(無料)、飲み物(キャッシュバー)を会場に準備します。食事を軽くとりながらご聴講下さい。

準備委員 生理学研究所 窪田芳之
-----------------------------------------------------------------------------
○


・ 第91回日本生理学会総会(鹿児島)にてシンポジウムを開催しました。学会HPLink

2014年3月18日(火)9:00-11:00
窪田芳之(生理研)・太田啓介(久留米)
Symposium 51 Morphological analysis of 3D reconstructed image using serial block-face electron microscope
電子顕微鏡連続断面微細構造観察による3次元再構築イメージ解析 演者:窪田芳之・太田啓介・大野伸彦・薗村貴弘・岩崎広英

参加人数80名程度

・ 第119回日本解剖学会総会(栃木)にてシンポジウムを開催します。学会HPLink

2014年3月28日(金) 9:15-11:15
第119回日本解剖学会全国学術集会にて
シンポジウムS9「SEM連続断面観察による3次元微細構造解析法」(大野伸彦・太田啓介)

演者:太田 啓介・上岡 寛・薗村 貴弘・窪田 芳之・大野 伸彦

参加人数120名程度


・ 第一回研究会 「超微全構造解析法 -FIB/SEM,3View,ATUM- のターゲットと試料作製」 

この数年の間に、SEMを用いた新しい生物組織三次元再構築法としてFIB-SEM,SBF-SEM,ATUMなどの技術が急速に発展してきている。これらはいずれもSEMで試料の連続断面を観察する事で組織の3次元再構築を行う手法です。それぞれ新しい手法ですので、各手法の特長と観察対象、また試料作製法などについて集中的に討論を行うべく第一回研究会を開催いたしました。また各メーカーからの最新情報の提供、久留米大にて稼働中のFIB/SEM装置の見学会もおこないました。多くの方にご参加いただきました。 本会のキックオフとして最高のスタートを切ることができました。ありがとうございました。(世話人:太田啓介)

  • 日 時:平成25年10月20日(日) 9:30-16:40
  • 場 所:久留米大学旭町キャンパス 筑水会館中会議室 (福岡県久留米市)
       (交流会及び幹事会は19日(土)17:00より行います。)
  •  参加費 2000円
  •  交流会 (19日土曜日 3500円 詳細はこちら。)

プログラム

1.各種法のターゲットと試料作製

  • 9:45-10:10 FIB/SEMトモグラフィー3次元解析のターゲットと試料作製
    太田 啓介(久留米大)
  • 10:10-11:00 SBF-SEMを用いた生体3次元微細構造観察のターゲットと試料作製 
    大野 伸彦(山梨大・生理研)
  • 11:10-12:00 ATUMによる試料作製と光学顕微鏡・電子顕微鏡での観察
    岩崎 広英(東京大)

2.最新情報

  • 13:00-13:20 JIBシリーズによる生体試料の三次元解析
    鈴木 俊明(日本電子株式会社)
  • 13:20-13:40 リアルタイム3DアナリティカルFIB-SEMによるマルチCut&See
    麻畑 達也(日立ハイテクサイエンス)
  • 13:40-14:00 FEI社製FIB/SEM DualBeamの紹介と特長」
    完山 正二(日本FEI)
  • 14:00-14:20 SEM内ミクロトーム法(SBF-SEM)による3次元観察」
    藤谷 洋(日本ローパー)
  • 14:20-14:40 生物組織 3D イメージングにおける低加速電圧 SEM の進化と適応
    兼崎 琢麿(カールツァイスマイクロスコピー)

3.装置見学

    15:50〜15:15
  • 久留米大学電子顕微鏡室(FIB-SEM装置)

4.応用研究

  • 15:20 樹状突起分岐部の微小管のFIB/SEMによる観察
    窪田 芳之 (自然科学研究機構 生理学研究所)
  • 15:40 生理研3View-SEMによる形態観察の現状と応用例(単一細胞から組織まで)
    宮崎 直幸・村田 和義 (自然科学研究機構 生理学研究所)
  • 16:00 三次元画像処理ソフトウェアによる領域抽出と解析
    上村 逸郎 ((株)マックスネット)
  • 16:20 FIB/SEMを用いた抗うつ薬による神経形態変化の定量解析
    北原 陽介 (久留米大学医学部薬理学講座)

コメント:久留米大学地区水会館(福岡県久留米市)にて、第一回研究会を開催いたしました。日曜日にもかかわらず66名の参加者にお出でいただき、濃密な研究会を開催することができました。ひとえに、ご講演いただいた12名の先生方と、ご参加いただき活発なご意見を賜った全ての皆様のおかげと存じます。心より御礼申し上げます。ありがとうございました。

記念写真
(敬称略)